Stagiaire Analyse comparative de génomes d’espèces potagères (H/F)

Informations générales

Entité de rattachement

Limagrain est une coopérative agricole et un groupe semencier international détenus par 1 300 agriculteurs installés dans le Puy-de-Dôme en Auvergne. Présent dans 49 pays et rassemblant 9 335 collaborateurs, le Groupe sélectionne, produit et commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits agroalimentaires. Focalisé sur le progrès génétique des plantes, Limagrain est le quatrième semencier mondial. talent.limagrain.com   

Référence

2024-10056  

Description du poste

Type de contrat

Stage

Durée du contrat

6 mois

Famille de métier

RECHERCHE ET INNOVATION – TRAIT ET SUPPORT SCIENTIFIQUE

Finalité du poste

L’amélioration des technologies de séquençage 3e génération permet de délivrer des séquences génomiques de haute qualité pour des espèces cultivées mais non modèles. Cette information génomique est utilisée comme une base primordiale dans les techniques de sélection assistée par marqueurs par l’équipe Trait & Technology. De plus, elle ouvre la porte à la compréhension de processus biologiques régissant des caractères agronomiques d’intérêt. Nous proposons un stage visant à tirer parti de cette multiplicité de données, notamment par le biais d’analyses comparatives intra et inter espèces. L’objectif premier est de pouvoir délivrer une méthodologie et des outils qui permettront d’analyser des processus de synténie entre génomes. Dans le cadre de ces comparaisons, nous offrons également l’opportunité de participer à la mise en place d’une chaîne d’outils dédiées à l’identification de gènes candidats.

Vos Missions

Dans un premier temps, vous prendrez possession de votre poste au Centre de Recherche de Chappes. Vous serez amené(e) à vous familiariser avec nos systèmes et son architecture de données. Vous évoluerez ainsi au sein de l’équipe Bioinformatics Discovery dans un environnement multiculturel et sur de multiples thématiques abordées.

Vous participerez à plusieurs développements qui permettront à nos utilisateurs d’être plus performants dans leurs analyses de gènes :

–  Tests d’outils d’analyse de micro et macro-synténie

–  Mise en place d’un outil sous Galaxy pour la visualisation d’alignements de génomes

–  Comparaisons de génomes à l’échelle génique

–  Chaînage de scripts multi-langage

Les outils et approches délivrés pourront être présentés à la communauté d’utilisateurs à l’aide d’illustrations portant sur des cas concrets. Un suivi régulier avec l’ensemble des bioinformaticien(ne)s sera également assuré.

Compétences : ce que nous attendons de vous

Vous êtes actuellement en master 2 bioinformatique et vous disposez de très bonnes connaissances en génomique. Vous êtes autonome et à l’aise sous environnement Linux. Vous serez amené(e) d’utiliser divers langages de programmation (R, bash, python). Une expérience préalable sous Galaxy et/ou des connaissances en Nextflow ou Snakemake seront appréciées.

La maitrise de l’anglais est indispensable pour pouvoir échanger avec vos différents collègues dans le monde. 

Vos avantages et votre environnement de travail

Un restaurant d’entreprise avec participation financière de l’employeur.

Un CSE proposant diverses activités sociales et culturelles.

Société

GROUPE LIMAGRAIN

Localisation du poste

Localisation du poste

Europe, France, Auvergne, Puy de Dôme (63)

Lieu

Chappes, France

Critères candidat

Niveau d’études min. requis

Master ou équivalent

Niveau d’expérience min. souhaité

jeune diplômé

Langues

• Anglais (4 – Courant)
• Français (3 – Opérationnel)